Heilbrigðisnefnd Austurlands gaf út starfsleyfi fyrir Fljótsdalsstöð vegna raforkuvinnslu/vatnsaflsvirkjunar 27. mars 2007. Leyfið er fyrir „rekstri virkjunar til 690 MW rafmagnsframleiðslu, rekstri verkstæða, afgreiðslu fyrir bifreiðaeldsneyti, starfsmannabústað, mötuneyti og vatnsveitu.“