Með Kárahnjúkavirkjun eru virkjaðar í einni virkjun jökulárnar Jökulsá á Dal og Jökulsá í Fljótsdal. Árnar koma upp í Brúarjökli og Eyjabakkajökli í norðausturhluta Vatnajökuls og renna í norðaustur um Jökuldal og Fljótsdal að sameiginlegum ósi við Héraðsflóa.